KDV iade taleplerinde, 213 sayılı Vergi Usul Kanun’un 114 üncü maddesinde yer alan “5 yıllık zamanaşımı süresi” dikkate alınmaktaydı. Ancak 29/03/2018 tarih ve 7104 sayılı Kanunu’nun 10 uncu maddesi ile 3065 sayılı Katma Değer Vergisi Kanunu’nun 32’nci maddesinin 1 inci fıkrası, “indirilemeyen Katma Değer Vergisi,” ibaresinden sonra gelmek üzere “işlemin gerçekleştiği dönemi izleyen ikinci takvim yılının sonuna kadar talep edilmesi şartıyla” ibaresi eklenmiştir. Söz konusu değişiklik sonrası 3065 sayılı Katma Değer Vergisi Kanunu’nun 32’nci maddesinin 1 inci fıkrası aşağıda gibi değişmiştir.
Bu Kanunun 11, 13, 14 ve 15 inci maddeleri ile 17 nci maddenin (4) numaralı fıkrasının (s) bendi uyarınca vergiden istisna edilmiş bulunan işlemlerle ilgili fatura ve benzeri vesikalarda gösterilen Katma Değer Vergisi, mükellefin vergiye tabi işlemleri üzerinden hesaplanacak Katma Değer Vergisinden indirilir. Vergiye tabi işlemlerin mevcut olmaması veya hesaplanan verginin indirilecek vergiden az olması hallerinde indirilemeyen Katma Değer Vergisi, işlemin gerçekleştiği dönemi izleyen ikinci takvim yılının sonuna kadar talep edilmesi şartıyla Maliye ve Gümrük Bakanlığınca tespit edilecek esaslara göre bu işlemleri yapanlara iade olunur.”
Yukarıda açıklanan değişiklik 01.01.2019 tarihinden itibaren yürürlüğe girmiş olup bu yasal düzenlemeyle “KDV mükelleflerinin tam istisna işlemlerden kaynaklanan KDV iade taleplerinin istisna teslimlerin gerçekleştiği yılı izleyen yıl başından itibaren 2 yıl içinde KDV iade talep dilekçesi verilmek suretiyle talep edilmesi şartıyla yerine getirileceği, aksi durumda ise KDV mükelleflerin KDV iade talep haklarını kaybedeceği belirlenmiştir. Bu yasal düzenlemeyle kanun koyucu tarafından KDV mükelleflerin KDV iade alacakları ile KDV iade taleplerinin süresine yönelik kısıtlayıcı bir düzenleme yapılmıştır.
